Kostel sv. Václava je součástí bývalého kláštera na Pekařské ulici v Opavě. Klášter dominikánů byl založen opavským vévodou Mikulášem I. po roce 1291 v blízkosti městských hradeb. V roce 1336 byl vysvěcen biskupem Janem III. V raně gotické etapě vyrostla provizorní klášterní budova, chór, sakristie a kaple sv. Dominika, v druhé bylo vystavěno trojlodí. Kostel se stal největší kamennou sakrální stavbou středověké Opavy.
Nejstarší fázi stavby dokumentují tři románská okénka v kapli sv. Dominika, z nichž dvě byla zazděna ještě před rokem 1336.
V polovině 15. století byla z původní sakristie postavena kaple sv. Kříže, dnes známá jako Moravská, kde se konaly bohoslužby v češtině.
V 16. století se klášter ocitl v ekonomických potížích a po vymření celé mnišské komunity na mor v letech 1541 – 1542 zůstal jistou dobu neobsazen. Po požáru v roce 1556 a následných renesančních přestavbách došlo k nové konsolidaci kláštera.
V roce 1601 byla kaple rozdělena cihlovou zdí a v západní části vytvořena kaple Mošovských z Moravčína. Manýristické stavební úpravy v pozdně gotické Moravské kapli byly provedeny až v roce 1616. V době třicetileté války byl kostel několikrát vyrabován protestantskými vojsky. Rozsáhlé raně barokní opravy musely být uskutečněny také po pustošivých požárech v letech 1651 a 1689, kdy žár zničil i tři velké zvony na dvoupatrové věži s cimbuřím.
V roce 1696 vystavěl opavský fojt Jindřich Baltazar Kurz před západním průčelím kostela loretánskou kapli. Sloužila jako rodinná hrobka.
Rozsáhlou barokní přestavbou procházel klášter v letech 1732 – 1733. Kostel tehdy obdržel devět nových oltářů. Tyto úpravy však klášter uvrhly do velkých dluhů, které se nedařilo vyrovnat. Ekonomická krize se prohlubovala, až byl klášter na žádost vlastního převora císařským dekretem z 16. června 1786 zrušen. Příznačným projevem osvícenství bylo přidělení objektu vojsku, jež ho používalo až do konce první světové války jako skladiště mouky a obilí. V tomto období došlo k rozsáhlým demoličním úpravám exteriéru. Např. byla zbořena klášterní věž, 1851 i loretánská kaple, kamenná dlažba byla nahrazena betonovou plochou.
Duchovní degradaci, kdysi svatého místa, se nepodařilo zvrátit ani se vznikem nové republiky. V roce 1922 se stal majetkem Československé armády, k vojenským účelům sloužil i německému Wehrmachtu.
Až v rámci přestavby kláštera na Dům umění v letech 1967 – 1974 začaly první stavebně – historické průzkumy, archeologické výzkumy a restaurování maleb v kapli sv. Dominika. Definitivní rekonstrukce fasád se objekt dočkal v letech 1999 – 2001. V roce 2005 došlo na ideový podmět akademického sochaře profesora Kurta Gebauera i ke konzervaci interiéru po vzoru italských památek. Tzv. italský styl konzervuje původní poškození omítek a zachovává autentický ráz.
V roce 2007 získal kostel mimořádné ocenění Komory českých architektů Interiér roku.
V současné době se zde konají koncerty vážné hudby, významná společenská setkání a od 27. června 2007 i svatební obřady. Od června 2010 je kostel uzavřen z důvodu oprav fresek na barokní klenbě v hlavní lodi a v kapli sv. Dominika.